Theo quy định của Luật Viên chức:  Viên chức là công dân Việt Nam được tuyển dụng theo vị trí việc làm, làm việc tại đơn vị sự nghiệp công lập theo chế độ hợp đồng làm việc, hưởng lương từ quỹ lương của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật. Như vậy, Luật Viên chức ra đời đã tách bạch khái niệm “viên chức” ra khỏi khái niệm “cán bộ, công chức”, hợp đồng làm việc được xây dựng thành một chế định riêng, đánh dấu một bước tiến, một xu hướng mới trong điều chỉnh của pháp luật đối với đối tượng thực hiện dịch vụ công trong các đơn vị sự nghiệp công lập (đơn vị sự nghiệp của nhà nước, tổ chức chính trị, chính trị - xã hội),

Tại Khoản 5 Điều 3 Luật Viên chức quy định: Hợp đồng làm việc là sự thỏa thuận bằng văn bản giữa viên chức hoặc người được tuyển dụng làm viên chức với người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập về vị trí việc làm, tiền lương, chế độ đãi ngộ, điều kiện làm việc, quyền và nghĩa vụ của mỗi bên”, so với Hợp đồng lao động được quy định trong Bộ luật lao động thì hợp đồng làm việc có những điểm khác biệt, cụ thể là:

*  Thứ nhất, về chủ thể của hợp đồng 

Hợp đồng làm việc được ký kết giữa viên chức hoặc người được tuyển dụng làm viên chức với người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập. Theo đó, viên chức bao gồm những người đã làm việc trong đơn vị sự nghiệp công lập, được coi là viên chức và những người được tuyển dụng và trở thành viên chức là “công dân Việt Nam được tuyển dụng theo vị trí việc làm, làm việc tại đơn vị sự nghiệp công lập theo chế độ hợp đồng làm việc, hưởng lương từ quỹ lương của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật” (Điều 2 Luật Viên chức). Còn chủ thể của  HĐLĐ là người lao động, tức là “người từ đủ 15 tuổi trở lên, có khả năng lao động, làm việc theo hợp đồng lao động, được trả lương và chịu sự quản lý, điều hành của người sử dụng lao động” (khoản 1 Điều 3 Bộ luật Lao động năm 2012). Như vậy, theo quy định của pháp luật hiện hành, xem xét về khía cạnh chủ thể của Hợp đồng, chủ thể của hợp đồng làm việc hẹp hơn và hoàn toàn khác với chủ thể của hợp đồng theo quy định của Bộ luật lao động.

* Thứ hai, về nội dung

 Xuất phát từ sự khác nhau về chủ thể giao kết và thực hiện hợp đồng, nội dung của hợp đồng làm việc trong Luật Viên chức cũng có những điểm khác so với hợp đồng lao động. Nội dung của hợp đồng làm việc là những thỏa thuận về vị trí việc làm (công việc hoặc nhiệm vụ gắn với chức danh nghề nghiệp hoặc chức vụ quản lý tương ứng), tiền lương, chế độ đãi ngộ, điều kiện làm việc, quyền và nghĩa vụ của mỗi bên. Còn nội dung của hợp đồng lao động là những thỏa thuận về việc làm có trả lương, điều kiện làm việc, quyền và nghĩa vụ của người lao động và người sử dụng lao động.

* Thứ ba, về hình thức thể hiện

 Hợp đồng làm việc trong Luật Viên chức được quy định bằng hình thức duy nhất là bằng văn bản (khoản 2 Điều 26 Luật Viên chức), còn hình thức thể hiện của HĐLĐ được quy định đa dạng hơn: Bằng văn bản và bằng lời nói (Điều 16 Bộ luật Lao động năm 2012).

* Thứ tư, về đơn phương chấm dứt hợp đồng

 Đối với Hợp đồng làm việc, chưa có quy định về trách nhiệm của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập, của cơ quan quản lý đơn vị sự nghiệp công lập tuyển dụng viên chức trong trường hợp đơn phương chấm dứt hợp đồng làm việc trái pháp luật. Mặt khác, chưa có quy định về nghĩa vụ của viên chức khi đơn phương chấm dứt hợp đồng làm việc trái pháp luật,chưa có quy định về chưa có quy định về hợp đồng lao động vô hiệu.

 Còn đối với hợp đồng lao động, Bộ luật Lao động năm 2012 (Điều 42) quy định khá chi tiết về nghĩa vụ của người sử dụng lao động khi đơn phương chấm dứt hợp đồng lao động trái pháp luật. Đồng thời, Điều 43 Bộ luật Lao động quy định về nghĩa vụ của người lao động khi đơn phương chấm dứt HĐLĐ trái pháp luật

Như vậy, Hợp đồng làm việc theo quy định Luật Viên chức là một loại hợp đồng pháp lý, được ký kết giữa người “viên chức” với đơn vị sự nghiệp công lập,  xác định quyền, nghĩa vụ của viên chức và đơn vị sự nghiệp sử dụng, quản lý viên chức, đồng thời là căn cứ  cơ bản quan trọng nhất để giải quyết khi có tranh chấp phát sinh giữa viên chức và đơn vị sự nghiệp sử dụng, quản lý viên chức. Việc Luật Viên chức quy định về hợp đồng lao động là 1 chế định riêng cho thấy những điểm mới, tiến bộ của pháp luật về viên chức. Đó là những quy định có tính chất toàn diện hơn, cụ thể, rõ ràng hơn và có tính đột phá so với các văn bản pháp luật trước đó. Việc áp dụng chế định hợp đồng làm việc của viên chức trong đơn vị sự nghiệp công lập đã góp phần tích cực tách đơn vị sự nghiệp công lập ra khỏi cơ quan hành chính, tạo sự năng động, tự chủ cho chính các đơn vị sự nghiệp này, đáp ứng yêu cầu khách quan của xu hướng xã hội hóa các dịch vụ công, nhằm phục vụ tốt nhất cho nhu cầu của người dân. Tuy nhiên, một số hạn chế, bất cập trong việc quy định về HĐLV của viên chức đòi hỏi cần có cái nhìn thấu đáo hơn nữa về vị trí xã hội cũng như tính chất công việc chuyên môn của đội ngũ viên chức; trên cơ sở đó tiếp tục nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung các quy định pháp luật cho phù hợp với thực tiễn khách quan.