Với mục tiêu trao quyền tự chủ cho đơn vị sự nghiệp công lập để hoàn thành tốt mục tiêu, nhiệm vụ được giao, đồng thời phát huy khả năng trong việc cung cấp dịch vụ chất lượng cao cho xã hội, tăng nguồn thu nhằm từng bước giải quyết thu nhập cho cán bộ, viên chức, người lao động trong đơn vị; thực hiện chủ trương xã hội hóa trong việc cung cấp dịch vụ cho xã hội, huy động sự đóng góp của cộng đồng để phát triển các hoạt động sự nghiệp, giảm dần bao cấp từ ngân sách nhà nước. Ngày 25/4/2006, Chính phủ đã ban hành Nghị định 43/2006/NĐ-CP quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập. Nghị định này áp dụng với đa số các đơn vị sự nghiệp công lập. Riêng tổ chức khoa học và công nghệ thực hiện theo quy định tại Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 05/9/2005 của Chính phủ.

Tuy nhiên, sau một thời gian thực hiện trong thực tế, đến nay, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 áp dụng với các đơn vị sự nghiệp công lập do cơ quan có thẩm quyền của Nhà nước thành lập theo quy định của pháp luật, có tư cách pháp nhân, cung cấp dịch vụ công, phục vụ quản lý nhà nước; Đơn vị sự nghiệp công trực thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội.

Theo đó, cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công được hiểu là các quy định về quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, nhân sự và tài chính của đơn vị sự nghiệp công.

Dịch vụ sự nghiệp công được hiểu là dịch vụ sự nghiệp trong các lĩnh vực giáo dục đào tạo; dạy nghề; y tế; văn hóa, thể thao và du lịch; thông tin truyền thông và báo chí; khoa học và công nghệ; sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.

Dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nướcđược hiểu là dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước bảo đảm toàn bộ chi phí hoặc dịch vụ sự nghiệp công chưa tính đủ chi phí trong giá, phí, được ngân sách nhà nước hỗ trợ.

Dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nướclà dịch vụ sự nghiệp công có điều kiện xã hội hóa cao, Nhà nước không bao cấp, giá dịch vụ sự nghiệp công theo cơ chế thị trường.

Các đơn vị sự nghiệp công lập được chia thành bốn loại căn cứ vào mức độ tự chủ tài chính, bao gồm: đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư; đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên; đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên; đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên.

Mức độ tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp công lập tỷ lệ với mức độ tự bảo đảm chi của đơn vị, đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm kinh phí hoạt động càng nhiều thì mức độ tự chủ sẽ càng cao. Do vậy, mức độ tự chủ cao nhất sẽ thuộc về đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư. Đơn vị này sẽ được quyết định số người làm việc cho đơn vị, được vay vốn tín dụng ưu đãi, hỗ trợ lãi suất tín dụng, tự quyết định mức trích quỹ bổ sung thu nhập mà không bị không chế mức trích Quỹ bổ sung thu nhập. Cụ thể là:

Với đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, việc sử dụng nguồn tài chính thực hiện như sau:

Chi thường xuyên: Đơn vị được chủ động sử dụng các nguồn tài chính giao tự chủ để chi thường xuyên.

Chi tiền lương: Đơn vị chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ các nguồn theo quy định; trường hợp còn thiếu, ngân sách nhà nước cấp bổ sung.

Chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý: Căn cứ vào nhiệm vụ được giao và khả năng nguồn tài chính, đơn vị được quyết định mức chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý, nhưng tối đa không vượt quá mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Chi nhiệm vụ không thường xuyên: Đơn vị chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí quy định với phần được để lại chi mua sắm, sửa chữa lớn trang thiết bị, tài sản phục vụ công tác thu phí...

Với đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, nội dung chi bao gồm:

Chi thường xuyên:

Chi tiền lương: theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ các nguồn theo quy định, bao gồm cả nguồn ngân sách nhà nước cấp bổ sung.

Chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý: Đơn vị được quyết định mức chi nhưng tối đa không vượt quá mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Chi nhiệm vụ không thường xuyên: theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí.

Việc sử dụng nguồn tài chính của đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên:

Chi thường xuyên: Đơn vị được chủ động sử dụng các nguồn tài chính giao tự chủ. Một số nội dung chi được quy định như sau:

Chi tiền lương: Đơn vị chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ các nguồn theo quy định; trường hợp còn thiếu, ngân sách nhà nước cấp bổ sung.

Chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý: Căn cứ vào nhiệm vụ được giao và khả năng nguồn tài chính, đơn vị được quyết định mức chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý, nhưng tối đa không vượt quá mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Chi nhiệm vụ không thường xuyên: Đơn vị chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí.

Đối với đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, nội dung chi của đơn vị như sau:

Chi thường xuyên: Đơn vị được sử dụng nguồn tài chính giao tự chủ. Một số nội dung chi được quy định như sau:

Chi tiền lương: Đơn vị chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, đơn vị tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ các nguồn theo quy định, bao gồm cả nguồn ngân sách nhà nước cấp bổ sung.

Chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý: Đơn vị được quyết định mức chi nhưng tối đa không vượt quá mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Chi nhiệm vụ không thường xuyên: Đơn vị chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và pháp luật hiện hành đối với từng nguồn kinh phí.

Trong quá trình thực hiện các quy định về tự chủ tài chính, trong khi chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực, các đơn vị sự nghiệp công theo từng lĩnh vực được tiếp tục thực hiện cơ chế tự chủ theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP và các Nghị định hiện hành về tự chủ trong các lĩnh vực.