Trách nhiệm của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam trong thực hiện Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo đã được quy định rõ trong Luật là:

Thứ nhất, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam có trách nhiệm tập hợp đồng bào theo tín ngưỡng, tôn giáo và đồng bào không theo tín ngưỡng, tôn giáo xây dựng khối đại đoàn kết toàn dân tộc, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.

Thứ hai, Phản ánh kịp thời ý kiến, nguyện vọng, kiến nghị của nhân dân về các vấn đề có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo với cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Thứ ba, Mặt trận tham gia xây dựng văn bản quy phạm pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo; phản biện xã hội đối với các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án phát triển kinh tế - xã hội của Nhà nước có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật.

Quy định về việc phản biện xã hội của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo đã thể chế hoá Hiến pháp, là Mặt trận phản biện xã hội đối với các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án phát triển kinh tế - xã hội của Nhà nước có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật. Như vậy, không gian phản biện xã hội là rất rộng và nội dung phản biện rất hệ trọng, đòi hỏi Mặt trận cần phát huy được thế mạnh của mình để tổ chức phản biện có chất lượng, hiệu quả; đồng thời phối hợp chặt chẽ với Nhà nước.

Thứ tư, Tham gia tuyên truyền, vận động chức sắc, chức việc, nhà tu hành, tín đồ, người theo tín ngưỡng, tôn giáo, các tổ chức tôn giáo và nhân dân thực hiện pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo.

Thứ năm, Về trách nhiệm giám sát của Mặt trận, Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo quy định trách nhiệm giám sát của Mặt trận Tổ quốc là: Giám sát hoạt động của cơ quan, tổ chức, đại biểu dân cử và cán bộ, công chức, viên chức trong việc thực hiện chính sách, pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo. Giám sát của Mặt trận không mang tính quyền lực nhà nước, song Mặt trận phải sử dụng những thao tác giám sát cơ bản, như theo dõi, xem xét, đánh giá hoạt động của cơ quan, cá nhân quản lý nhà nước đã thực hiện Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo ra sao, từ đó có quyền và trách nhiệm yêu cầu, kiến nghị tới cơ quan có thẩm quyền xử lý.

Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo quy định trách nhiệm của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam đã phản ảnh được bản chất và vị trí, vai trò của Mặt trận trong xã hội Việt Nam nói chung và trong đời sống tôn giáo nói riêng dưới thời hiện đại. Trong đó, cái mới của Mặt trận Tổ quốc là phản biện xã hội đối với các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án phát triển kinh tế - xã hội của Nhà nước có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo.

Để Mặt trận Tổ quốc hoàn thành trách nhiệm trong thực hiện Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo, Mặt trận Tổ quốc các cấp cần triển khai công tác trên tất cả những quy định của Luật, với tinh thần đổi mới toàn diện cả về nội dung và hình thức công tác tôn giáo. Mặt trận cần quan tâm xây dựng kế hoạch, giải pháp, cả chiến lược và cấp bách, cả tự thân và phối hợp đối với việc đào tạo, bồi dưỡng, sử dụng và quản lý cán bộ làm công tác tôn giáo, để họ có kiến thức về tôn giáo và chuyên môn, kỹ năng công tác tôn giáo Mặt trận.

Công tác tác dân vận tín đồ, chức sắc tôn giáo chỉ có hiệu quả cao và thành công khi mỗi cán bộ Mặt trận nắm vững chính sách, pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo và đổi mới nhận thức về tín ngưỡng, tôn giáo. Đây là những yêu cầu mang tính tiên quyết đối với người làm công tác tôn giáo của hệ thống chính trị nói chung và của Mặt trận Tổ quốc nói riêng.

Có thể thấy, công tác tôn giáo của Mặt trận Tổ quốc có một vị trí đặc biệt quan trọng. Để Luật Tín ngưỡng, Tôn giáo vào cuộc sống, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam các cấp cần tiếp tục thực hiện tốt trách nhiệm của Mặt trận, nhất là trong công tác phản biện xã hội và giám sát đối với các cơ quan Nhà nước trong việc dự thảo cũng như thực hiện chính sách, pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo. Từ đó, công tác tôn giáo của Mặt trận Tổ quốc phát huy tính chủ động, sáng tạo để xây dựng và hiện thực hoá kế hoạch, nội dung công tác tôn giáo phù hợp với địa bàn của mình, góp phần đảm bảo hơn nữa quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của công dân trên toàn xã hội.